Năm 1526, Babur, một hậu duệ của Timur và Thành Cát Tư Hãn, đã vượt qua Đèo Khyber và lập nên Đế quốc Mogul, tồn tại đến hơn 200 năm.[20] Triều Mogul thống trị gần hết tiểu lục địa Ấn Độ vào năm 1600; Sau năm 1707, đế chế này bắt đầu suy yếu dần và diệt vong vào năm 1857 sau khi bị thất bại trong Khởi nghĩa Ấn Độ 1857. Thời kỳ này đánh dấu sự thay đổi xã hội mạnh mẽ ở tiểu lục địa khi đa số người Ấn Độ giáo bị các hoàng đế Mogul cai trị, và họ đã phải nhẫn nại bảo vệ tín ngưỡng của mình, cũng có nghĩa là trung thành với văn hóa Ấn Độ giáo. Vị hoàng đế nổi tiếng Akbar, cháu nội của Babar, đã cố gắng tạo lập quan hệ hữu hảo với người Ấn Độ giáo. Song, các vị hoàng đế tiếp theo như Aurangazeb lại cố gắng hoàn thành sự thống trị của Hồi giáo và kết quả là một vài ngôi đền lịch sử đã bị phá hủy và những người không theo đạo Hồi bị đánh thuế. Trong thời kỳ Đế quốc Mogul suy yếu, tức là sau thời điểm đế quốc này có phạm vi lãnh thổ rộng tương đương lãnh thổ của đế quốc cổ đại Maurya, một vài đế quốc nhỏ hơn đã hình thành và lấp khoảng trống quyền lực hoặc góp phần mình vào sự suy yếu của Mogul. Vương triều Mogul có lẽ là vương triều giàu có nhất từng tồn tại. Năm 1739, Nader Shah đã đánh bại quân đội Mogul trong Đại chiến Karnal. Sau khi thắng lợi, Nader đã chiếm và cướp phá Delhi, mang đi rất nhiều kho báu, gồm cả chiếc Ngai Chim Công.[21]

Trong thời kì Mogul, các thế lực chính trị chi phối bao gồm đế quốc Mogul và các chư hầu của nó, và sau đó là các quốc gia kế tục nổi lên - kể cả liên minh Maratha - kẻ đã chiến đấu chống lại vương triều Mogul đang ngày một suy yếu và không được tôn kính nữa. Các hoàng đế Mogul, mặc dù thường sử dụng chiến thuật thô bạo để cai trị đế quốc của mình, đã có chính sách hội nhập với văn hóa Ấn Độ và điều này khiến họ thành công ở những nơi mà vương triều Delhi đã thất bại. Akbar Đại đế đặc biệt nổi tiếng vì chính sách này. Akbar đã tuyên bố "Amari" hay không sát sinh trong những ngày lễ thiêng của đạo Jaina. Ông giảm mức "thuế Jazia" đánh vào những người không theo đạo Hồi. Các hoàng đế Mogul đã kết hôn với các quý tộc địa phương, và liên minh với các Maharaja địa phương, có gắng pha trọn văn hóa Thổ-Ba Tư của họ với phong cách Ấn Độ cổ, tạo nên kiến trúc Ấn-Saracen độc đáo. Chính sự sói mòn của truyền thống này cùng với sự thô bạo và tập quyền ngày càng tăng đã góp phần quan trọng vào sự sụp đổ sau Aurangzeb, vị hoàng đế Mogul không như các tiên đế của mình, đã áp dụng các chính sách tương đối không đa nguyên đối với phần lớn dân chúng, khiến cho người Hindu chiếm đa số nổi giận.